Молекулярный докинг для поиска кандидатов в лекарства: роль суперкомпьютеров

Краткое изложение интервью, опубликованного в сообществе «Фарма РФ» от .

В интервью о применении молекулярного докинга рассказал заведующий лабораторией в Научно-исследовательском вычислительном центре МГУ им. М.В. Ломоносова, специализирующейся на вычислительных системах и прикладных технологиях программирования. По словам собеседника, программа оценивает возможное положение низкомолекулярного соединения в активном центре белка-мишени и энергию связывания, чтобы отобрать вещества для экспериментальной проверки. Суперкомпьютеры позволяют проводить такой скрининг для десятков, сотен тысяч и миллионов соединений, но результаты расчетов необходимо проверять экспериментально.

Собеседник рассказал о программе докинга SOL: расчет одного лиганда требует от одного до нескольких часов работы одного вычислительного ядра. В качестве примеров применения молекулярного моделирования он привел разработку ингибиторов тромбина и ВИЧ-интегразы. По оценке специалиста, компьютерный отбор соединений может сократить начальную стадию разработки лекарства с 5–7 лет до одного или двух лет.

Главное

  • Докинг оценивает положение молекулы в активном центре белка-мишени и энергию ее связывания.
  • По словам собеседника, суперкомпьютеры позволяют проводить докинг миллионов молекул.
  • В программе SOL расчет одного лиганда занимает от одного до нескольких часов работы одного вычислительного ядра.
  • Собеседник считает, что компьютерный отбор соединений может сократить начальную стадию разработки лекарства с 5–7 лет до одного или двух лет.

Подготовлено автоматически с помощью ИИ, возможны неточности. Полный просмотр материала доступен только специалистам фармацевтической отрасли.

Регистрация

По теме