Shambhala объединяет данные о генной экспрессии из разных исследований

Краткое изложение публикации в сообществе «Фарма РФ» от .

Российские и зарубежные ученые разработали платформу Shambhala, которая приводит профили генной экспрессии к общему формату и помогает сопоставлять результаты разных геномных экспериментов. Разработка предназначена для анализа больших данных, полученных, в частности, с помощью микрочиповой гибридизации и РНК-секвенирования: результаты этих методов плохо совместимы. В основе платформы лежит алгоритм CuBlock.

Исследователи проверили Shambhala на шести наборах данных, включавших примерно 6,8 тыс. образцов опухолей и 11,1 тыс. образцов здоровых тканей человека. При сравнении с тремя другими подходами команда сообщила, что платформа превосходит их по многим параметрам. Работа опубликована в журнале Frontiers in Molecular Biosciences. По оценке руководителя лаборатории биоинформатики МФТИ Антона Буздина, анализ генной экспрессии может помочь в изучении заболеваний и разработке вакцин нового поколения.

Главное

  • Shambhala преобразует профили генной экспрессии в общий формат для сопоставления данных разных экспериментов.
  • В платформе для гармонизации геномных данных применен алгоритм CuBlock.
  • Проверка Shambhala охватила шесть наборов данных с примерно 6,8 тыс. опухолевых образцов и 11,1 тыс. образцов здоровых тканей.
  • Исследователи сравнили платформу с тремя другими подходами и сообщили о ее преимуществе по многим параметрам.

Подготовлено автоматически с помощью ИИ, возможны неточности. Полный просмотр материала доступен только специалистам фармацевтической отрасли.

Регистрация

По теме