Низин и липид II: моделирование выявило два состояния мишени антибиотика

Краткое изложение публикации в сообществе «Фарма РФ» от .

Исследователи из Института биоорганической химии им. М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова РАН, МФТИ и ВШЭ смоделировали взаимодействие природного антибиотика низина с липидом II — мишенью в мембране бактерий. Модель комплекса модуля распознавания низина с липидом II в бактериальной мембране оставалась стабильной при длительном моделировании; взаимодействие происходило с двумя конформациями липида II. Расчёты показали, что в природном липидном окружении для связывания доступно 20–30% поверхности головной группы липида II. Учёные также разработали методику «энергии пирофосфатного фармакофора» для выявления конформаций низина, способных образовать комплекс с мишенью. Результаты опубликованы в журнале Scientific reports. Авторы считают, что модель может упростить поиск молекул-кандидатов для дальнейшей экспериментальной проверки антибактериальной эффективности.

Главное

  • Модель комплекса модуля распознавания низина и липида II оставалась стабильной при длительном моделировании.
  • Низин взаимодействовал с двумя конформациями липида II.
  • В природной среде для взаимодействия доступно 20–30% поверхности головной группы липида II.
  • Исследователи разработали методику выявления конформаций низина, способных связываться с липидом II.

Подготовлено автоматически с помощью ИИ, возможны неточности. Полный просмотр материала доступен только специалистам фармацевтической отрасли.

Регистрация

По теме